hibiにfavicon表示が出来ました。
（素人なので一応）大雑把にメモしておくと、

bookmark.phpの422行目、<a>タグの最後あたりに
（スクリプト初期の設定で）「class="favicon_m（もしくはfavicon_s）"」を追加。
common.phpの57行目あたりに、
<script type="text/javascript" src="faviconapi.js"></script>を追加（ファイルパスは任意で）。

bookmark.php及びcommon.phpを書き換えたものと入れ替え、
更にfaviconapi.jsを指定したファイルパスどおりにアップロードしてリロード、で無事に表示されました。
ただし、faviconを読み込み→表示にはちょっと時間がかかります。
使用したパソコンスペックがしょぼしょぼ(WinXP/メモリ256MB)なこともあるでしょうが、
ブックマークの表示数20で2、3秒くらいリロードから全部表示への間があるような。
それとAjaxで移動する（再読み込みしない）とfavicon表示できなくなるのが一番のネックかな。

んー、もうちょっといろいろ模索してみます。


//追記
favicon表示までの間があるのは一回目だけみたいですね。