以前、調べた時はなかったのだけれど、あった。5.1からなのかもしれない。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/mysqldump...

--ignore-table=db_name.tbl_name

これで、fulltextインデックスを入れているような、重いテーブルはスルーできる。